La FMSI espleta l'indispensabile funzione di assicurare la tutela della salute degli atleti anche per garantire il regolare e corretto svolgimento delle gare, delle competizioni e dei campionati di ogni ordine e grado. A tal fine la FMSI:

1. Assicura l'assistenza medico sanitaria indispensabile alla organizzazione sportiva ed agli atleti;

2. provvede alla formazione e all'aggiornamento permanente degli iscritti e alla divulgazione delle conoscenze medico sportive nel mondo dello sport;

3. assicura il controllo antidoping, anche per mezzo di propri Laboratori, nell'ambito delle leggi nazionali e regionali;

3. promuove e incentiva studi e ricerche scientifiche nel campo della medicina applicata all'esercizio fisico ed agli sport anche in relazione alle condizioni igienico-ambientali, nel campo delle tecniche anti-doping ed in ogni altro campo attinente la promozione della salute attraverso lo sport agonistico, non agonistico, lo sport per tutti, lo sport per i disabili;

4. tutela la salute degli atleti, d'intesa con il C.O.N.I., le Federazioni Sportive Nazionali e le altre organizzazioni sportive nazionali riconosciute, nell'ambito delle leggi nazionali e regionali, anche al fine di garantire un omogeneo e regolare supporto al corretto svolgimento delle gare, delle competizioni e dei campionati;

5. esercita funzioni di prevenzione, di consulenza, di controllo medico, nonché di valutazione funzionale per gli atleti delle Federazioni sportive Nazionali, delle organizzazioni sportive riconosciute e di chiunque ne faccia richiesta;

6. si impegna nella prevenzione  e nella repressione dell'uso di sostanze o di metodi che alterano le naturali prestazioni fisiche degli atleti in collaborazione con il C.O.N.I. e le Federazioni Sportive Nazionali e nell'ambito delle leggi nazionali e regionali;

7. garantisce che i medici sportivi operanti nell'ambito dello sport, tesserati della FMSI, rendano le proprie prestazioni con uniformità di comportamento, nell'ambito di tutta l'organizzazione sportiva nazionale. L'amministrazione della giustizia federale da parte della FMSI garantisce l'applicazione dello stesso sistema sanzionatorio per tutti i tesserati a parità di violazioni;

8. si impegna nell'educazione sanitaria della popolazione sportiva e nell'attività di propaganda per la formazione di una coscienza sportiva, quale fattore di miglioramento fisico e morale della gioventù;

9. si impegna nello studio e nell'attuazione di ogni altra iniziativa utile ai fini della propaganda olimpica;

10. opera in collegamento e collaborazione con le organizzazioni scientifiche nazionali ed internazionali operanti nel campo della medicina dello sport;

11. pubblica materiale divulgativo scientifico medico-sportivo, educativo e tecnico per la diffusione della cultura dello sport, dell'educazione e della promozione della salute attraverso lo sport.